Về tiêu, thoát nước, dự thảo quy hoạch đưa ra nhiều giải pháp công trình như tăng cường bơm ra sông ngoài để giảm tải cho sông Nhuệ, sông Cầu Bây, Cà Lồ bằng việc xây dựng các trạm bơm Văn Khê, Vĩnh Thanh, Yên Nghĩa, Yên Thái, Cao Viên… Song song với đó, chuyển hình thức tiêu tự chảy sang động lực ở một số khu vực bằng việc xây dựng trạm bơm và cải tạo, mở rộng các hệ thống sông Đáy, Tích, Bùi, Nhuệ, đảm bảo yêu cầu tiêu thoát nước.
Sở NN&PTNT cho biết, với những giải pháp trên, đến năm 2020, hệ thống thủy lợi trên địa bàn thành phố đảm bảo cấp nước tưới cho trên 135.000ha. Trong đó bao gồm 105.982ha canh tác lúa, hoa màu, rau an toàn; 20.000ha cây lâu năm tại các vùng chuyên canh cây ăn quả, chè ở Mỹ Đức, Chương Mỹ, Thạch Thất, Quốc Oai, Ba Vì, Sơn Tây và 22.500ha diện tích nuôi trồng thủy sản cũng được đảm bảo nguồn nước thường xuyên.
Quy hoạch cũng đảm bảo tiêu nước cho toàn bộ diện tích 334.852ha trên địa bàn thành phố, gồm cả vùng đô thị và nông thôn. Qua đó, hạn chế tới mức tối đa các vùng ngập úng, diện tích nông nghiệp bị mất trắng hoặc giảm năng suất, góp phần tăng sản lượng lương thực của Hà Nội.